В результате этнической чистки, осуществленной армянскими властями в 1988-1990 гг., были насильно изгнаны из своих родных очагов 250 тысяч азербайджанцев, проживающих на территории Армении. Наряду с ними, в 1990 году до 50 тысяч турков-месхетинцев, беженцев из Средней Азии, нашли себе убежище в Азербайджане.

Начиная с 1990-1991 гг., осуществляется план насильственного изгнания азербайджанцев, проживавших в 126 населенных пунктах Нагорного Карабаха, являющегося неотъемлемой частью Азербайджана. 26 февраля 1992 года произошло одно из самых трагических событий конца ХХ века - армянскими вооруженными силами в Нагорном Карабахе был разгромлен город Ходжалы, в котором проживало 6 тысяч азербайджанцев. В осуществленном в Ходжалы геноциде было убито 613 человек.

В результате военной агрессии армянских вооруженных сил с 1991 года были оккупированы 20% азербайджанских земель – территория Нагорно-карабахского региона (бывшая НКАО) и 7 прилегающих к нему районов. Более 600 тысяч человек из этих территорий были насильно изгнаны с постоянных мест проживания и временно поселены в различных городах и районах республики.

Помимо этого, более 100 тысяч человек в целях безопасности вынуждены были покинуть места постоянного проживания в районах, прилегающих к Нагорному Карабаху и приграничных с Арменией районах - Нахичеванской Автономной Республике, Агджабеди, Агдаме, Акстафе, Тертере, Геранбое, Гедабеке, Казахе и Таузе.

В настоящее время в результате армяно-азербайджанского конфликта в стране имеется свыше 1 миллиона беженцев и вынужденных переселенцев.

В результате военной агрессии Армении в течение 1988-1992 гг. погибло 20 тысяч азербайджанцев, ранено 100 тысяч человек. 50 тысяч, получив увечья, стали инвалидами.

В период конфликта свыше 4500 азербайджанцев пропали без вести, из них около 1400 человек были освобождены из плена. Судьба остальных остается неясной.