Окончательно завоевав Грузию в 1801 году, Россия вышла к границам Азербайджана. 

26 декабря 1802 года – правители Северного Кавказа и некоторые ханы Азербайджана подписали Георгиевское соглашение о вхождении под покровительство России. Документ подписали правитель Губинского ханства Сейфали хан и Талышский (Ленкоранский) хан Мир Мустафа. Они пошли на такой шаг под давлением русских. Георгиевское соглашение еще не означало присоединение народов к России. Чуть позже Россия начнет полную аннексию азербайджанских земель.

12 апреля 1803 г. – в Тифлисе были подписаны условия присоединения Джар-Балакена и документ «О клятвенных обязательствах». Двумя годами ранее (1801 г.) царь Александр I подписал манифест о присоединении Восточной Грузии, азербайджанских территорий Газаха, Шамсаддил, Борчалы к России. С присоединением Джар-Балакена к России начался захват азербайджанских земель. Вначале Джар-Балакенскому джамахатству были даны некоторые права на автономное правление, но вскоре оно лишилось и этих прав.

Командующий русскими войсками на Кавказе генерал П.Д.Цицианов в марте 1803 года взял в осаду Гянджу - самый крупный из городов Азербайджана.

Сломив ожесточенное сопротивление населения во главе с Джавад-ханом, 3 января 1804 года русские войска вошли в город. Гянджинское ханство ликвидируется и входит в состав Российской империи. 

Для того, чтобы закрепиться в Закавказье Цицианову нужно было любым путем завладеть считавшимися наиболее сильными в этом регионе Карабахским, Шекинским и Ширванскими ханствами. 

В июне 1804 русские войска разбили иранскую кавалерию Сулейман-хана у крепости Гюмри (Иреванское ханство). 

16 июля 1804 – началась первая Русско-Иранская война (1804-1813 г.), по итогам которой значительная часть Северного Азербайджана – большинство азербайджанских ханств (за исключением Иреванского и Нахчыванского ханства) были присоединены к России.

4 сентября 1804 г – вблизи села Гямярли Иреванского ханства (ныне поселок Артшат Армянской Республики) произошло сражение между русскими и иранскими армями. Проигравшие сражение русские были вынуждены отступить. Это было второе поражение русских в войне. Ранее русские войска потерпели поражение в бою под Эчмиадзином (27 июля).

Устав постоянно находиться "между молотом и наковальней" (Россией и Ираном), правитель Карабаха Ибрагим Халил-хан в 1805 году решился заключить с Россией "Клятвенное обещание" - трактат о переходе ханства под власть царской империи.

14 мая 1805 г. – в ходе Русско-Иранской войны был заключен первый Кюрекчайский договор. Трактат был подписан в военном лагере Кюрекчай. 

Согласно договору, Карабахское ханство было присоединено к Российской империи. В договоре, подписанном на берегу реки Кюрекчай, что территории нынешнего Геранбойского района Азербайджана командующим российской армией на Кавказе генералом Павлом Сисиановым и ханом Карабаха Ибрагимхалилом, ханской семье были обещаны права на автономное правление.

Документ состоял из 11 статей (артикулов) и давал откровенно односторонние преимущества России. Отныне Карабахское ханство переходило под покровительство России и отказывалось от каких-либо самостоятельных международных связей с третьими странами. Более того, особо отмечалось, что Карабахское ханство теряет право самостоятельного общения с соседними ханствами. Одним из условий договора было согласие на размещение в Шушинской крепости 500 русских солдат с пушками.

Единственной статьей Кюрекчайского договора, которую можно трактовать в пользу Ибрагим Халил-хана, было обязательство России не вмешиваться во внутренние дела ханства. 

После подписания договора Ибрагим Халил-хану указом Александра I от 8 июля 1805 года присвоили генеральский чин, и с той поры в качестве генерал-лейтенанта он был вынужден подчиняться главнокомандующему русскими войсками на Кавказе. Этот договор, являясь полноценным дипломатическим документом, свидетельствует: Карабахское ханство вошло под протекторат России именно как мусульманское государство.

21 мая 1805 г – в ходе Русско-Иранской войны был подписан второй Кюрекчайский договор о присоединении Шекинского ханства к Российской империи. Согласно договору, подписанному правителем Шеки Салим ханом и командующим русскими войсками на Кавказе генералом Павлом Сисиановым, Шекинское ханство отказалось от ведения независимой внешней политике и дало согласие на ввод русских войск на свою территорию.

В июне 1805 – Войска Аббас-Мирзы заняли крепость Аскеран в Карабахе. В ответ русский отряд Карягина выбил персов из замка Шахбулаг.

24 июня—15 июля 1805 – бои персидской армии Аббаса-Мирзы и русских войск в Карабахе (Аскеран, Шахбулаг и Мухратаг).

27 декабря 1805 – После захвата Карабахского и Шекинского ханств русские войска, начав поход на Ширванские ханство, вошли в город Шемаха. Ширванское ханство было присоединено к России.

12 июня 1806 г. – В местечке Ханбагы, недалеко от Шуши правитель Карабаха Ибрагимхалил хан Джеваншир и члены его семьи были зверски убиты русским солдатами.  В то время, когда иранские войска предприняли наступление на Шушу, начальник гарнизона крепости майор Лисаневич (армянин по происхождению) напал на шатер хана и перебил всю семью Ибрагим Халил-хана, за исключением одного сына - Мехти Кули-аги. Это происшествие только подтвердило символичность вручения карабахскому хану звания генерал-лейтенанта русских войск. Вместе с тем, расправившись с Ибрагим Халил-ханом, Россия не изменила статус его ханства. Мехти Кули-ага рескриптом императора Александра I от 10 сентября 1806 года был назначен правителем Карабаха взамен своего отца.

В знак управления ханством император Александр I вручил Мехти Кули-аге знамя и саблю, инкрустированную драгоценными камнями. Как в Кюрекчайском договоре, так и в его юридическом продолжении - указе императора от 1806 года о назначении Мехти Кули-аги правителем Карабаха, везде, где речь идет о постепенно оккупируемом Карабахе, его территории - нагорной и низменной - всюду фигурируют правители из рода Джаванширов, а всем слоям населения вменяется беспрекословно подчиниться Мехти Кули-аге.

В мае 1810 армия Аббас-Мирзы вторглась в Карабах.

29 июня 1810 - Отряд полковника П С. Котляревского захватил крепость Мегри и, выйдя на берег (июль) Аракса, разбил авангард армии Аббас-Мирзы. Иранские войска попытались вторгнуться в Грузию, однако 18 сентября войско Исмаил-хана было разгромлено у крепости Ахалкалаки.

16 мая 1812 года – По итогам Русско-Османской войны (1806-1812 г.) был подписан Бухарестский мирный договор. По условиям договора, находящаяся под влиянием Бессарабия (часть нынешней Молдовы) была присоединена к России. Согласно документу, Османского государство подтверждало свое согласие на аннексию Южного Кавказа царской Россией.

12 октября 1813 года – В связи с окончанием первой Русско-Иранской войны (1804-1813 г.) было подписано Гюлистанское мирное соглашение. Согласно документу, подписанному в селе Гюлистан на севере Карабаха (нынешний Геранбойской район) азербайджанские земли были разделены на две части. Земли Азербайджана, находящиеся севернее реки Араз – Гянджа, Карабах, Шеки, Шемаха, Губа, Баку и территории Талышского ханства, а также Восточная Грузия и Дербент были присоединены к Российской империи. Нахичеванское и Иреванское ханства оставались под контролем Ирана. Мирный документ со стороны России подписал специальный представитель царя Александра I генерал Николай Ртищев, а со стороны Ирана представитель Фатали шаха – Мирза Абульгасан. По условиям договора, Иран потерял право на военно-морскую флотилию на Каспии, а русским купцам предоставлялась право на льготную (5% скидка на таможенные тарифы) торговлю.

Карабахский хан Мехти Кули был раздираем ненавистью к иранцам и недоверием к русским, перебившим его семью.

Назначенный в 1816 году губернатором Кавказа генерал А.П.Ермолов с первых дней не доверял мусульманскому народу, видя в нем потенциального врага. По этой причине он выискивал возможности для формальной ликвидации ханств, в любой момент могущих стать ядром движения за независимость. Представитель Ермолова в Северном Азербайджане генерал В.Г.Мадатов (армянин) активно помогал ему в этом. 

Не выдержав русского давления Мехти Кули-хан бежал в Иран, в 1822 году Карабахское ханство было упразднено и превратилось в российскую провинцию. А.Грибоедов писал, что тогда же вместе с ханом ушли в Иран три тысячи мусульманских семей. 

6 августа 1826 – Войска Аббас-Мирзы окружили крепость Шуша. На помощь гарнизону главнокомандующий русских войска на Кавказе генерал Ермолов двинул отряд полковника В.Г.Мадатова, который 15 сентября заставил отступить иранское войско.

13 июля 1826 года – Иранская армия, переправившись через реку Араз, вступила на территорию Северного Азербайджана, находящегося под контролем России. Началась вторая Русско-Иранская война (1826-1828). Первые дни войны войска принца иранского престола Аббаса Мирзы (Каджара) смогли дойти до города Шуша, где располагался военный штаб русских, и окружили город. Но вскоре они вынуждены были отступить. Иран стремился взять реванш за свое поражение в войне 1804-1813 годов, однако вновь проиграл войну и согласно Туркменчайскому мирному договору (10 февраля 1828 г.) был вынужден уступить русским находящиеся под его контролем Иреванское и Нахичеванское ханства.

20 апреля 1827 года – в ходе войны с Ираном, 1826-1828 года, наступающие на южные рубежом Азербайджана русские войска захватили крупный мост Худаферин, что на реке Араз (ныне территорию Джабраильского района). Захват моста, имеющего важное стратегическое значение, позволило русским подготовить наступление на Нахчыванское ханство. В мае Нахчыван был оккупирован.

10 февраля 1828 года – По итогам второй Русско-Иранской войны (1826-1828 г.) был подписан Тюркменский мирный договор. Согласно документу, подписанному недалеко от Тебриза в деревне Тюркменской русским генералом Иваном Паскевичем и иранским принцем Аббасом Мирзой, Иреванское и Нахичеванское ханства присоединялись к России. Туркменчайским договором территория Азербайджана была поделена на две части по реке Араз, между Россией и Ираном. В договоре нашли свое отражение и такие пункты как переселение из Ирана армян на новое оккупировании земли Российской империи (Иреванское, Нахичеванское и Карабахские ханства), возмещение Ираном России компенсации в 20 миллионов рублей, полновластное доминирование на Каспии Русской флотилии, предоставление русским купцам льготных тарифов на торговлю.

20 марта 1828 г. – Царь Николай I утвердил условия Тюркменчайского договора и подписал указ об образовании на территориях Иреванского и Нахичеванского ханств «Армянской области». После этого, согласно перенеси здешнего населения, осуществленного по указанию русского правителя на Кавказе генерала Паскевича, на конец 1828 года на территории была зарегистрированы 81.749 мусульман и 25.131 армянин. В этот период началось активное переселение в регион армянского населения из Ирана и Турции. В 1840 году «Армянская область» была переименована в Иреванский уезд и включен в состав Тифлисско-Имеретской губернии. А в 1849 году была образована в Иреванская губерния.

26 апреля 1828 года – Выйдя победителем в войне с Ираном и присоединив к себе Северный Азербайджан, Россия объявила войну второму противнику – Османской империи. Война закончилась с преимуществом России через год, в 1829 г. был заключен мирный договор в Эдирне. По итогам войны часть армян, проживавших в Восточной Анатолии, были переселены на Южный Кавказ – Иреванское ханство и Грузию.  Кроме того, Османская сторона официально признала итоги  договора между Ираном и Россией по итогам войны 1826-1829 гг. о присоединении Иреванского и Нахичеванского ханств к России.